基因組學(xué)研究前沿進(jìn)展【第5期】

西瓜屬泛基因組揭示西瓜的進(jìn)化和馴化歷程

期刊：Plant Biotechnologe Journal

IF：13.8

時(shí)間：2023年8月

全文：http://www.specchiomagico.net/wp-content/uploads/2023/08/plant-biotechnology-journal-2023-.pdf

該研究首先以3份野生西瓜種為材料組裝基因組，隨后結(jié)合已發(fā)表3個(gè)西瓜基因組進(jìn)行比較基因組分析，發(fā)現(xiàn)野生西瓜和栽培西瓜間存在較大的染色體間重排，并基于共線性區(qū)塊推測了西瓜的分化關(guān)系。接著，對(duì)201份野生西瓜進(jìn)行了重測序，并結(jié)合已有重測序數(shù)據(jù)對(duì)547份西瓜材料進(jìn)行泛基因組構(gòu)建，并基于該泛基因組鑒定到了栽培西瓜在馴化過程中受選擇的關(guān)鍵基因，例如調(diào)節(jié)西瓜果肉中的糖積累的糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白ClTST2基因。

牛筋草高質(zhì)量基因組揭示草甘磷靶基因復(fù)增新機(jī)制

期刊：Nature Communications

IF：16.600

時(shí)間：2023年7月

全文：http://www.specchiomagico.net/wp-content/uploads/2023/08/2023-nc-.pdf

該研究首先構(gòu)建了草甘膦敏感和草甘膦抗性牛筋草高質(zhì)量基因組，并基于該基因組和重測序數(shù)據(jù)將草甘膦靶基因EPSPS定位于3號(hào)染色體上。進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn)，在草甘膦抗性牛筋草中，EPSPS基因與其它幾個(gè)基因融合后形成復(fù)增片段插入到基因組的一個(gè)或多個(gè)亞端粒區(qū)域，而非單基因復(fù)增。此外，由于牛筋草染色體亞端粒區(qū)序列高度重復(fù)，功能基因較少，從而使牛筋草以較小的代價(jià)獲得新抗性，促進(jìn)抗性種群快速進(jìn)化。