如何查看MEME-ChIP分析結(jié)果？

做過ChIP-seq和ATAC-seq的小伙伴想必都知道Motif預(yù)測吧，大家覺得比較常用又好用的軟件大概就是MEME-ChIP組件了吧。網(wǎng)上有很多教軟件安裝使用的教程，網(wǎng)站分析界面也很友好，所以我們不講如何使用，而是講如何看結(jié)果。

我們根據(jù)實際需求，從MEME-ChIP的原始分析結(jié)果中提取了精華，提供了較為全面完整的分析結(jié)果：

1、每個motif的logo圖

2、motif注釋結(jié)果(JASPAR)

3、MEME注釋結(jié)果與Peak靶基因的聯(lián)合結(jié)果

4、MEME-ChIP所有的HTML版結(jié)果

前三條一般情況下是足夠的啦，但是小編就是比較執(zhí)著，就想看看MEME-ChIP的原始分析結(jié)果都是什么，接下來我們就開始吧。

為了方便所有人，小編特意在網(wǎng)站上做了一版，這樣想學(xué)習(xí)的大家都可以復(fù)現(xiàn)啦。

先準備數(shù)據(jù)，這里是一個ATAC-seq預(yù)測的Peak數(shù)據(jù)，我們選取Peak峰周圍幾百bp的DNA序列作為輸入，記住一定要是FASTA格式的數(shù)據(jù)哦。如果你自己沒有的話，網(wǎng)站也提供了示例數(shù)據(jù)，你可以在這里找到：

然后上傳數(shù)據(jù)，開始分析，小編在這里全部使用默認參數(shù)：

點擊開始后，就可以耐心等待啦~

一段時間后你就可以從郵箱里找到你的分析結(jié)果鏈接，下載下來解壓就是這個樣子的：

打開meme-chip.html，接下來就是這樣子的：

小結(jié)

1、使用MEME-ChIP的時候務(wù)必保證輸入序列是等長的。

2、MEME-ChIP中嵌套的de novo Motif Discovery工具是MEME和DREME，Motif Enrichment工具是CentriMo和SpaMo，Motif Camparison（Motif注釋）軟件是Tomtom，Motif Scanning工具是FIMO。

3、MEME和DREME的區(qū)別是：MEME用于發(fā)現(xiàn)較長的Motif(約21bp)；DREME用于發(fā)現(xiàn)較短的Motif(約8bp)

4、CentriMo和SpaMo的區(qū)別是：CentriMo用于發(fā)現(xiàn)Motif(de novo發(fā)現(xiàn)的Motif+給定的已知數(shù)據(jù)庫中的Motif)在輸入序列上的富集，另外CentriMo要求輸入序列等長；SpaMo（Motif間距分析），以Cluster后的Motif作為primary motif，以de novo發(fā)現(xiàn)的Motif和給定的已知數(shù)據(jù)庫中的Motif為secondary motif，找到在輸入序列上在相對primary motif出現(xiàn)位置的特定距離處富集的secondary motif。

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