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 分類: 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序

(1)常規(guī)轉(zhuǎn)錄組分析使用的ID都是基因組配套GFF文件中第三列為“gene”的行中,第九列的“ID=”的編號(hào),一般很少有基因組會(huì)使用name作為基因的ID(因?yàn)槎嗫截惖拇嬖?,不同位置的基因name相同,作為ID分析會(huì)出錯(cuò)),所以如果要找基因的name,需要到基因組配套的GFF文件中查找,研究的比較多的物種,一般都會(huì)在GFF里標(biāo)明基因的name。

(2)對(duì)于基因組GFF文件中標(biāo)明了基因name的物種,百邁客分析結(jié)果中有一個(gè)總文件“ref_trans_full_table.xls”,該文件中第二列標(biāo)記了基因的name。同時(shí),在云品臺(tái)上,用個(gè)性化工具也可以進(jìn)行檢索(云平臺(tái)上檢索用的是上面提到的總文件)

(3)如果基因組GFF文件中沒(méi)有name的話,是沒(méi)有辦法直接獲取到name的,需要的話,可以使用基因name標(biāo)注完善的物種(推薦模式物種),對(duì)研究的物種通過(guò)blast尋找同源蛋白的方式進(jìn)行name的對(duì)應(yīng)(原理同功能注釋)

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