單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組

挖掘更多潛在致病細(xì)胞類型

產(chǎn)品介紹

百邁客單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組測序（Single Nuclei RNA Sequencing，snRNA-seq）：通過提取樣本單細(xì)胞核，基于10x Genomics平臺分離、標(biāo)記細(xì)胞核，在單細(xì)胞水平研究核基因表達(dá)檢測的技術(shù)。為腦組織、心臟、腎臟等復(fù)雜組織或一些珍稀凍存樣品提供了單細(xì)胞水平研究應(yīng)用平臺，可挖掘更多潛在的致病細(xì)胞類型，更易于探討腫瘤細(xì)胞異質(zhì)性和致病機(jī)理。

百邁客單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)原理

單細(xì)胞懸液或者組織分離單細(xì)胞核：通過百邁客優(yōu)化細(xì)胞核分離試劑盒提取，清洗和重懸；再通過10x genomics單細(xì)胞測序平臺利用微流控、油滴包裹和barcode標(biāo)記等技術(shù)來實(shí)現(xiàn)高通量的單細(xì)胞核捕獲，構(gòu)建單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組文庫，借助Illumina測序平臺對文庫進(jìn)行測序檢測，即可一次性獲得大量單細(xì)胞核的基因表達(dá)數(shù)據(jù)，從而實(shí)現(xiàn)復(fù)雜組織或珍貴冷凍樣本在單細(xì)胞水平進(jìn)行基因表達(dá)測序。

單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)流程圖

??突破scRNA-seq三大挑戰(zhàn)

1.新鮮組織、冷凍組織樣本均可適用；

2.避免了組織解離過程中誘導(dǎo)應(yīng)激相關(guān)基因的表達(dá)；

3.直接抽核，消化均勻，不具有偏好性，鑒定細(xì)胞類型更真實(shí)和完整。

新突破-適應(yīng)范圍更廣

新鮮、凍存樣本

腦、心、腎臟等復(fù)雜組織

難以解離樣本

酶解離有偏好性樣本

無懼細(xì)胞活性

無細(xì)胞粒徑局限

產(chǎn)品優(yōu)勢

操作簡單	采用直接抽核方式，而且核膜比細(xì)胞膜穩(wěn)定，操作相對簡單
適用范圍廣	新鮮/凍存、難消化、復(fù)雜組織類型均可，并且無細(xì)胞粒徑活性局限
結(jié)果精準(zhǔn)	解離過程中無人為引入“轉(zhuǎn)錄偏好”，結(jié)果真實(shí)可靠
信息全面	組織細(xì)胞消化均一性好，獲取真實(shí)的細(xì)胞類型組成和比例，鑒定細(xì)胞類型更全面和完整
高質(zhì)量抽核	針對不同組織基于單細(xì)胞核分離試劑盒，百邁客優(yōu)化單細(xì)胞核懸液制備方法
經(jīng)驗(yàn)豐富	累計制備100余種組織類型、3000+例的單細(xì)胞樣本，超高核抽提經(jīng)驗(yàn)
強(qiáng)大生信分析	實(shí)現(xiàn)單細(xì)核數(shù)據(jù)可視化，挖掘更多的罕見細(xì)胞類型，提供個性化分析

應(yīng)用方向

細(xì)胞圖譜繪制

生長發(fā)育

神經(jīng)學(xué)科研究

腫瘤學(xué)研究

干細(xì)胞分化

挖掘未識別細(xì)胞類型

snRNA-seq可深入挖掘特殊或罕見細(xì)胞類型，全面解讀腫瘤疾病致病機(jī)理。

結(jié)果展示

tSNE降維聚類細(xì)胞分群

特定基因表達(dá)小提琴圖

細(xì)胞軌跡分析

marker基因鑒定分析

常見問題

單細(xì)胞核和單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序區(qū)別

（1）單細(xì)胞核RNA測序?qū)嶒?yàn)需要提取分離制備單細(xì)胞核懸液，而單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序只需要制備單細(xì)胞懸液，檢測的基因不同，但是兩者都可以根據(jù)基因表達(dá)進(jìn)行細(xì)胞分群。

（2）單細(xì)胞核RNA測序可以使用凍存樣本，沒有細(xì)胞粒徑局限，適用范圍更廣。

（3）兩者數(shù)據(jù)分析相似，主要分析都是細(xì)胞分群、細(xì)胞亞群鑒定、marker基因鑒定、細(xì)胞群基因表達(dá)分析、細(xì)胞軌跡分析等。

單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組測序適用范圍？

1、適用于凍存組織樣品，克服單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序需要樣本新鮮和時效性局限；

2、適用于難以制備單細(xì)胞懸液的組織樣品，比如腦組織、心臟、腎臟等復(fù)雜組織；

3、酶解離有偏好性的樣本更適用單細(xì)胞核RNA測序，獲取真實(shí)的細(xì)胞類型組成和比例；

4、適用于細(xì)胞粒徑過大，細(xì)胞不規(guī)則，細(xì)胞活性偏低的樣本，比如神經(jīng)元細(xì)胞、心肌細(xì)胞、骨骼肌纖維細(xì)胞等；

5、適用于無法獲取高質(zhì)量原生質(zhì)體，提取細(xì)胞核進(jìn)行單細(xì)胞水平研究。

經(jīng)典案例

snRNA-seq挖掘新的調(diào)節(jié)產(chǎn)熱的脂肪細(xì)胞亞群

脂肪組織通常根據(jù)其功能分為白色、棕色或米色(brite) ,它是系統(tǒng)代謝的重要調(diào)節(jié)因子，肥胖中脂肪組織功能失調(diào)可導(dǎo)致多種繼發(fā)性代謝并發(fā)癥,同時通過旁分泌和內(nèi)分泌信號調(diào)節(jié)系統(tǒng)的新陳代謝。本文作者利用單細(xì)胞核RNA測序（snRNA-seq）分析小鼠和人的脂肪組織細(xì)胞的異質(zhì)性，結(jié)果在小鼠體內(nèi)發(fā)現(xiàn)了一種罕見的脂肪細(xì)胞亞群，并且證實(shí)該細(xì)胞亞群可以通過醋酸鹽介導(dǎo)的調(diào)節(jié)其產(chǎn)熱能力來調(diào)控鄰近脂肪細(xì)胞的活動。由此可見snRNA-seq可挖掘更多潛在的細(xì)胞類型，更易于探討腫瘤細(xì)胞異質(zhì)性和致病機(jī)理。

文獻(xiàn)原文：snRNA-seq reveals a subpopulation of adipocytes that regulates thermogenesis. 2020, Nature, IF=42.778

snRNA-seq揭示了罕見的脂肪細(xì)胞群（CYP2E1 + ALDH1A1 + Cell）