R10發(fā)布| Nanopore R10芯片到達(dá)百邁客實驗室！

目前主流的R9.4.1芯片的表現(xiàn)能力如何？我們隨機(jī)抽取了200個已經(jīng)完成常規(guī)ONT DNA測序的樣品（包含各種動植物）進(jìn)行統(tǒng)計，總共約22.4T數(shù)據(jù)（足夠有代表性了），結(jié)果如下：

可以看到，R9.4.1芯片數(shù)據(jù)的讀長是非常理想的：Reads N50高達(dá)到72 Kb，平均達(dá)到35 Kb；單分子讀長高達(dá)到了1.6 Mb；而關(guān)于質(zhì)量值平均為8.3，對應(yīng)準(zhǔn)確性為：85.21%；單個樣品平均質(zhì)量值高達(dá)到9.7，對應(yīng)準(zhǔn)確性為：89.28%；

R10的質(zhì)量表現(xiàn)如何呢？我們統(tǒng)計了拿到的四個樣品的數(shù)據(jù)，具體統(tǒng)計結(jié)果見下圖：

圖2 R10數(shù)據(jù)質(zhì)量值分布

絕大部分R10 reads的質(zhì)量值達(dá)到了10以上（對應(yīng)準(zhǔn)確性為90.0%），而平均質(zhì)量值為12.1（對應(yīng)準(zhǔn)確性為93.8%），而reads質(zhì)量值已經(jīng)達(dá)到了15以上(對應(yīng)準(zhǔn)確性為96.84%)。由此可見，對于單條reads來說，提升還是非常明顯的，平均reads準(zhǔn)確性從85%提升到了93.8%。

看完單條reads準(zhǔn)確性后，那么組裝時用到的高深度consensus序列準(zhǔn)確性怎么樣呢？官方比較了同一樣本不同芯片測結(jié)果的準(zhǔn)確性，見圖3。從結(jié)果可知，相同測序深度的情況下，consensus后序列的準(zhǔn)確性Q值，R10比R9.4.1提升了5~10之間，對應(yīng)的準(zhǔn)確性有的提升了1個百分點之多。

圖3?不同物種中R10和R9.4.1 reads準(zhǔn)確度

從官方的數(shù)據(jù)顯示，當(dāng)數(shù)據(jù)深度為50X時，R10測序數(shù)據(jù)的consensus序列的準(zhǔn)確性已經(jīng)達(dá)到了Q44，即99.996%以上（圖4）。且隨著測序深度的增加，R10芯片一致準(zhǔn)確性逐漸增加。官方對多物種測試發(fā)現(xiàn)，在100X的測序深度下，consensus準(zhǔn)確性可以保持在Q45以上，在有些樣本上甚至已達(dá)到Q50（99.999％）水平（圖4），當(dāng)然加大測序深度也可以想要達(dá)到更高水平，測試結(jié)果中，最高已經(jīng)達(dá)到了Q52（99.9994%）。需要注意的是，這都是未經(jīng)過二代測序數(shù)據(jù)矯正的結(jié)果！

圖4 ?不同測序深度下R10 consensus序列準(zhǔn)確性比較

同聚物的識別準(zhǔn)確性是大家一直都比較關(guān)心的問題，從ONT官方釋放的測試結(jié)果顯示，相比于R9.4.1，R10版本芯片能夠顯著提高其在同聚物區(qū)域的堿基識別準(zhǔn)確度，并且?guī)缀醪粫肴笔уe誤（圖5）。

圖5 R10、R9.4.1芯片在同聚物區(qū)域的測序準(zhǔn)確度

官方通過檢測同一樣本R10和R9.4.1中的錯誤在基因組上的情況，發(fā)現(xiàn)R9.4.1與R10的錯誤在基因組上分布并不是完全重疊的，通過兩種版本芯片的數(shù)據(jù)進(jìn)行混合分析，可極大地提高序列的準(zhǔn)確性（圖6）。這表明了，在不使用二代數(shù)據(jù)的前提下，后續(xù)也可考慮通過R10和R9.4.1數(shù)據(jù)組合的方式來提高結(jié)果的準(zhǔn)確度！

圖6?R10和R9.4.1錯誤分布情況

小結(jié)

全新R10芯片在設(shè)計上采用了信號雙識別的策略，與R9.4.1芯片相比，有效提升原始序列，同聚物區(qū)域及Consensus序列準(zhǔn)確性。在不使用二代數(shù)據(jù)的情況下，結(jié)合R9.4.1及R10的數(shù)據(jù)，可獲得更高的準(zhǔn)確性！目前R10芯片全球還處于小試研發(fā)階段，如果一切順利，三季度即可大規(guī)模商用，敬請期待！

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