DNA甲基化是表觀遺傳領(lǐng)域中非常重要的一個(gè)研究方向，真核生物中最常見(jiàn)的DNA修飾是5mC(CG/CHG/CHH)，而原核生物中6mA是最普遍的DNA修飾。然而，近幾年來(lái)的報(bào)道發(fā)現(xiàn)DNA 6mA修飾在真核生物基因組中廣泛存在。2018年7月和11月發(fā)表的文章都發(fā)現(xiàn)了人類基因組中豐富的6mA修飾。值得關(guān)注的是，這兩篇人類基因組中6mA的功能研究卻發(fā)現(xiàn)了兩種不同的聲音，其中Yan et al.?發(fā)現(xiàn)6mA水平在癌癥中有明顯下調(diào)，然而Jeremy N. Rich et al.卻暗示了膠質(zhì)瘤中甲基化水平是顯著提升。因此，6mA在腫瘤甚至其他復(fù)雜疾病中的調(diào)控機(jī)制到底如何還需廣大研究者們的深入研究～
當(dāng)前全基因組范圍的5mC研究技術(shù)主要是WGBS、RRBS、芯片、DNA甲基化免疫共沉淀MeDip技術(shù)，當(dāng)前全基因組范圍的6mA的主要研究技術(shù)是PacBio SMRT、MeDip-seq、miClip技術(shù)。劃重點(diǎn)！Nanopore三代單分子納米孔測(cè)序可以同時(shí)檢測(cè)全基因組范圍單堿基的5mC和6mA修飾位點(diǎn)，并給出單堿基的甲基化水平！
Nanopore測(cè)序技術(shù)借助單個(gè)分子通過(guò)納米孔時(shí)引起孔兩側(cè)電位差來(lái)實(shí)現(xiàn)信號(hào)檢測(cè)，納米孔的直徑僅允許單個(gè)核苷酸聚合物通過(guò)，而ATCG四種堿基以及帶有甲基化修飾的堿基的帶電性質(zhì)不同，因此通過(guò)電信號(hào)差異特征即可檢測(cè)出通過(guò)納米孔的堿基類型，從而實(shí)現(xiàn)甲基化修飾的檢測(cè)。
當(dāng)然，DNA甲基化在醫(yī)學(xué)中的研究方向也相當(dāng)廣泛。
1、腫瘤/疾病分型研究
該研究通過(guò)對(duì)一種罕見(jiàn)的侵襲性骨髓增殖性疾病進(jìn)行DNA甲基化研究，通過(guò)差異甲基化位點(diǎn)的甲基化水平（高、中、低）將該疾病分為三個(gè)亞組。甲基化水平高的病人，預(yù)后較差；甲基化水平低的病人，預(yù)后良好。
RAS-pathway mutation patterns define epigenetic subclasses in juvenile myelomonocytic leukemia.(2017 Nature Communication)
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2、診斷和預(yù)后標(biāo)志物
從TCGA中常見(jiàn)癌癥（肺癌、乳腺癌、結(jié)腸癌、肝癌）的甲基化數(shù)據(jù)中篩選癌癥標(biāo)記物，這些標(biāo)記物能非常準(zhǔn)確的（準(zhǔn)確度95%）區(qū)分開(kāi)癌組織和正常組織。同時(shí)他們發(fā)現(xiàn)DNA甲基化模式可以預(yù)測(cè)預(yù)后和生存。
DNA methylation markers for diagnosis and prognosis of common cancers.(2017 PNAS)
>查看文獻(xiàn)<3、衰老研究
該研究對(duì)不同年齡階段的小鼠進(jìn)行RRBS研究，并找到了90個(gè)與年齡相關(guān)的CpG位點(diǎn)來(lái)構(gòu)建小鼠生物學(xué)年齡的預(yù)測(cè)器。這些位點(diǎn)的clock代表了衰老的生物標(biāo)志物，并可以用來(lái)確定生物體的生物學(xué)年齡，并進(jìn)一步干預(yù)衰老的速度。
研究物種
Using DNA Methylation Profiling to Evaluate Biological Age and Longevity Interventions.(2017 Cell Metabolism)
>查看文獻(xiàn)<該研究從上述研究及其他研究中的基礎(chǔ)上選擇了9個(gè)甲基化區(qū)域在不同年齡段的小鼠血液樣品中進(jìn)行焦磷酸測(cè)序，建立年齡預(yù)測(cè)的模型，最后選擇了3個(gè)CpG位點(diǎn)（Prima 1, Hsf4, Kcns 1）來(lái)預(yù)測(cè)小鼠的年齡和壽命。
Epigenetic age-predictor for mice based on three CpG sites.(2018 ELIFE)
>查看文獻(xiàn)<4、其他方向
生長(zhǎng)發(fā)育、疾病/腫瘤發(fā)生發(fā)展、藥物療效、免疫治療等任何你能想到的科研方向，都可能與我們深不可測(cè)的DNA甲基化相關(guān)！
百邁客為了讓更多客戶受益于三代測(cè)序,已與牛津納米孔公司(Oxford Nanopore Technologies,簡(jiǎn)稱ONT)達(dá)成長(zhǎng)期合作。截止目前,百邁客已經(jīng)擁有Oxford Nanopore的MinION、GridION X5和3臺(tái)PromethION全套Nanopore測(cè)序儀。
別以為我們ONT甲基化只能做5mC/6mA，我們還能同時(shí)得到結(jié)構(gòu)變異/拷貝數(shù)變異的信息，真正的一套數(shù)據(jù)多用哦。
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